微生物菌肥是指含有活體微生物的一類專用肥。其種類繁多，如按其產(chǎn)品中所含的具體微生物種類可分為：細菌肥料、放線菌肥料、真菌肥等；按其作用機理可分為：根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、解鉀菌肥料等。微生物肥的功效主要與營養(yǎng)元素的來源和功效有關，或者與植物吸收養(yǎng)分、水份和抗病能力有關，概括起來有以下幾個方面：

微生物菌肥能夠提高土壤肥力的主要功效。如各種自生、聯(lián)用或共生固氮微生物肥，可提高土壤中氮的含量，使土壤中有多種微生物溶磷、溶鉀，如某些芽袍桿菌、假單胞菌的應用，土壤中難溶的磷、鉀可被分解，轉化為可被植物利用的磷、鉀化合物。

制造并幫助作物吸收營養(yǎng)物質，根瘤菌肥是一種重要的微生物肥料，其主要作用是利用寄主植物提供的能量，使空氣中的氮轉化為氨，然后轉化為谷氨酸胺和谷氨酸，可被寄主豆科植物吸收利用，供其施用。根瘤菌能與許多植物的根共生。它能吸收更多的養(yǎng)分供植物吸收利用，其中對磷的吸收作用明顯，對鋅和鐵的吸收作用也明顯增強。

增強農(nóng)作物對病害和早衰的抗性，一些微生物肥的苗種接種后，由于在植株根系內(nèi)大量繁殖，成為植株根際的優(yōu)勢菌，除其自身的作用外，也因其生長繁殖而減少了病原微生物的繁殖機會，另外一些抗病原微生物的作用，對減輕植物病害有一定的效果。而菌根真菌由于能在植物根部大量生長，菌絲除了能吸收對植物有益的養(yǎng)分外，還能增加水分的吸收，提高植物的抗早性。

另外，微生物菌肥還具有節(jié)約化肥，降低生產(chǎn)成本等顯著優(yōu)點，相對于肥料，生產(chǎn)過程中消耗的能量要少得多，而微生物肥不僅用量少，而且無毒、無害，因此無環(huán)境污染問題。