微生物菌肥的作用主要取決于其所含的大量有益微生物的生命活動，在這些有益微生物繁殖和代謝旺盛的情況下，才能不斷形成物質(zhì)轉(zhuǎn)化和代謝產(chǎn)物。

與其他肥料不同，微生物是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和數(shù)量為基礎(chǔ)的，由于微生物肥料是一種活化劑，因此其肥效與活化劑的數(shù)量、強度及周圍環(huán)境條件密切相關(guān)，包括溫度、水分、酸堿度、營養(yǎng)條件和原生活在土壤中的土壤排斥作用都有一定的影響，所以在使用時應(yīng)引起重視。

選擇質(zhì)量合格的微生物肥料，不能使用質(zhì)量低、有效細(xì)菌數(shù)量達(dá)不到規(guī)定指標(biāo)、雜菌含量高或過期的產(chǎn)品，施用時盡量減少肥料中微生物的死亡，應(yīng)避免陽光直射菌肥，混合時在陰涼處操作，混合后立即播種，立即復(fù)蓋土壤，一般菌肥不得與有害農(nóng)藥、化肥混合。

在酸性土壤上施用時，應(yīng)在施用前中和土壤酸度，當(dāng)土壤過于干燥時，應(yīng)及時澆水，大雨過后，應(yīng)及時清除田間積水，提高土壤滲透性，根據(jù)土地條件推廣應(yīng)用不同的微生物菌肥料，微生物肥料應(yīng)廣泛應(yīng)用于豆科作物，磷、鉀類微生物肥料應(yīng)用于養(yǎng)分潛力高的土壤。

要及時施用，如果長時間不使用，其他細(xì)菌可能會侵入袋子，改變肥料中的微生物菌群，影響其使用效果，避免在高溫干旱條件下使用，微生物肥料中的微生物在高溫干旱條件下會受到生存繁殖的影響，無法發(fā)揮良好的作用。

應(yīng)選擇陰天或晴天晚上施用，并結(jié)合土壤覆蓋、糞便覆蓋、澆水等措施，避免微生物肥料因陽光直射或水分不足而難以發(fā)揮作用，避免與未分解的農(nóng)家肥料混合。與未分解的有機(jī)肥料混合會在高溫下殺死微生物，影響微生物肥料的發(fā)揮。